計畫簽約：
(一) 簽約廠商得選擇契約之生效日，契約生效日以專函通知所載之正式收件日或其後起算，但不晚於計畫核定後3個月內，若因審查作業跨至次年度計畫者，契約生效日不得追溯至前一年度。（惟申請Phase 2+之A類或B類者，須待Phase 2結案且經Phase 2審查委員同意後，另行辦理Phase 2+計畫簽約，且契約生效日以Phase 2同意結案且可開始執行Phase 2+之通知函發文日期或其後起算，但不晚於此發文日後3個月內。）
(二) 核定計畫採全程審查、一次簽約（惟Phase 2+須另案簽約）。申請者備妥依審查決議修訂之計畫書、廠商已用印契約並開具領據，正式發函送達計畫辦公室辦理簽約、請款（請詳閱附件F、專案契約書）。
(三) 簽約廠商應於核定通知函發文日（惟申請Phase 2+之A類或B類者，依Phase 2同意結案且可開始執行Phase 2+之通知函發文日）起30日內完成簽約，若無法依限辦理，應來函敘明事由申請展延，經同意後得展延簽約期限（最長以一個月為限），逾期視同放棄受補助之權利。
二、補助款撥付：
(一) 計畫期程≦9個月之計畫，將計畫經費分為2期，第1期款（50%補助款）於簽約時撥付；第2期款（50%補助款）於結案報告審查通過後撥付。
計畫期程>9個月之計畫，需先保留補助款總額之15%作為計畫尾款，其餘補助款與廠商自籌款，以契約生效日起每半年為1期，依期程月數編列款項為原則，最後1期若不足3個月者(含)則併入前1期每期工作報告經審查通過，且經費累計動支率達75%以上者，始核撥次期補助款。
(二) 補助款應專戶儲存專帳管理，結餘及扣稅前孳息毛額均須繳回國庫。
(三) 如有立法院審議經濟部預算之特殊原因，得逕行通知調整補助額度與補助款項撥付日期。
三、計畫管考：
(一) 簽約執行廠商須依契約每半年提出工作報告及經費動支會計報告，計畫經費並應依補助比例核實報銷。
(二) 研究開發案（Phase 2）參與計畫之執行成員均應據實填寫工作記錄簿，先期研究案（Phase 1）得由計畫主持人代表據實填寫工作記錄簿。
(三) 簽約廠商若違反契約規定，經計畫辦公室查核屬實且未能於限期完成改善者，得依契約規定終止或解除契約。
(四) 簽約廠商得依契約規定不定期接受工作進度及經費支用情形之查訪，並於計畫結束後5年內配合成效追蹤，並參與相關成果發表、展示等活動。
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